公司如果有未抵减完的加计抵减额，仍然可以申请留抵退税，这两者并不冲突。不过，需要明确的是，加计抵减额本身并不能计入留抵退税的计算基数。这两项是独立的税收政策，可以同时适用，但需要明确它们之间的区别和关系。

        要理解这个问题，首先需要分清“加计抵减额”和“留抵退税”的本质：

        加计抵减额

        性质：它是一项抵减应纳税额的税收优惠，而不是一项资产或存款。

        产生：针对特定行业（如现代服务业、邮政、电信等），纳税人按照当期可抵扣进项税额的一定比例（例如10%、15%）额外计算出一个抵减额。

        用途：这个额度专门用于抵减一般计税方法下的增值税应纳税额。当应纳税额不足以抵减时，余额可以结转下期继续抵减。

        关键：它本身不是进项税额，因此不能直接退还。

        留抵退税

        性质：它是对纳税人当期未抵扣完的实实在在的进项税额予以现金退还。

        来源：这些进项税额是企业购买货物、服务、无形资产或不动产时实际支付给供应商的增值税款。

        用途：当这些进项税额大于销项税额，形成期末留抵税额时，符合条件的纳税人可以申请将这部分“真金白银”的税款退还给企业，以缓解资金压力。